Etil merkaptan, sebagai senyawa organik yang mudah menguap, memerlukan kepatuhan yang ketat terhadap kondisi dan peraturan tertentu selama penyimpanan. Pertama, lingkungan penyimpanan harus sejuk, kering, dan-berventilasi baik, dengan suhu idealnya dijaga di bawah 0 derajat untuk mengurangi volatilitas dan risiko oksidasi. Pada saat yang sama, karena sifat fotosensitifnya, etil merkaptan harus disimpan di tempat gelap. Botol kaca, wadah baja tahan karat, dan kaleng aluminium adalah wadah yang ideal karena secara efektif memperpanjang umur simpan etil merkaptan dan menjaga stabilitas kimianya. Selain itu, kehati-hatian harus diberikan untuk menghindari pencampuran etil merkaptan dengan bahan kimia lain dan menjauhkannya dari sumber api untuk memastikan keamanan. Personil yang menangani etil merkaptan harus mengenakan peralatan pelindung yang sesuai, seperti sarung tangan, kacamata, dan pakaian pelindung, untuk mencegah iritasi dan cedera pada kulit dan mata.